Noten absolut (ohne Transposition) kopieren und einfügen

Irgendwo machst du meiner Meinung nach einen grundlegenden Fehler.
Wenn man ein Stück schreibt, dann ist es egal, in welcher Tonart das erfolgt, solange die klingenden Töne die richtigen sind. Der Export in musicxml übernimmt (zumindest in Musescore) die gewählte Tonart. Der anschließende Import auch.
Wenn du von irgendeinem transponierenden Instrument Noten in eines mit anderer Transposition kopierst, dann werden die klingenden Töne kopiert und und eingefügt. Die haben natürlich fürs Zielinstrument dann ggf. andere Vorzeichen und sitzen auf anderen Notenlinien, klingen aber gleich.
Vielleicht verstehe ich dein Problem aber nicht richtig, deshalb meine Bitte, die Files hier anzuhängen. Wenn es aus Urhebergründen nicht möglich ist, dann ggf. nur ein paar Takte davon. Und deine erstellte Zieldatei, auch wenn sie noch ohne Noten ist oder, noch besser, für die Takte manuell eintragen, was du haben willst.
Ich behaupte immer noch, man muss dabei gar nichts nachträglich transponieren!
Probier mal ein Beispiel: Erstelle eine kleine Partitur mit einem C-, einem Es-, einem B- und einem F-Instrument - egal in welcher Tonart.
Schreibe für ein Instrument Noten, kopiere diese und füge sie in die anderen Instrumente ein. Sie werden gleich klingen, nur andere Vorzeichen haben. Und müssen ggf. um eine Oktave verschoben werden.

Schön, dass du es lösen konntest. Hab mal beispielhaft das Flügelhorn genommen. Über Rechtsklick->Eigenschaften Instrument auf Flügelhorn geändert. Dann über Werkzeuge->Transponieren... bei Intervall um eine große Sekunde nach unten transponiert. Die Versetzungszeichen sehen für mich wie in deiner XML-Datei aus.

> Wie schon geschrieben sind die xml Dateien von einem Scan Programm erzeugt. Mit diesem habe die transponierten Originalstimmen eingescannt.
Im Original sind sie sicher in ihrer zum Instrument passenden Notation geschrieben. Der Import weiß aber nichts vom transponierenden Instrument. Zumindest haben deine xml-Dateien nichts über das Instrument drin, m.E. ein Bug vom Scan-Interpreter. Ein xml-Export mit Musescore macht das aber, deine xml habe die Info nicht und das führt zu deinem Problem.
Auch sind deine drei xml nach dem Import bei mir nicht Unisono sind wie du sagtest: Die Hörner habe als erste Note ein Fis5, das Flügelhorn ein H - beides klingend. Daraus die richtige Partitur erstellen scheitert daran, weil ich die Vorlage nicht kenne.
Ein Beispiel habe ich trotzdem gewagt und angehängt. Dabei wurden die Hornstimmen so gelassen, das Flügelhorn aber verschoben, so dass der 1. Ton bei allen ein klingendes A4 ist (unisono).

Ich bin so vorgegangen:
- eine neue Partitur erstellen mit den genannten Instrumenten. Es- und B-Intrumente haben verschiedene Vorzeichen - logisch. Die Tonart so wählen, dass die Vorzeichen der Instrumente zu der Scanvorlage passen. Wenn eines passt, müssen auch die anderen passen. (Kann sein, dass es bei uralten Partituren anders ist)
- nacheinander die vorhandenen Einzelstimmen importieren
- nach dem Import der Zeile das Instrument zuweisen, für das es gedacht war. Die Notenlage verschiebt sich zunächst.
- Die gesamte Zeile selektieren, und mit den Pfeiltasten Auf/Ab die Noten in die selbe Lage bringen wir auf der Scanvorlage. Das ist das eigentliche Transponieren. Die Noten kopieren und in die neue Partitur einfügen.
Fast fertig: es könnten vereinzelt Doppelkreuz/Doppel-b auftauchen oder enharmonisch verwechselte vorhanden sein: Versetzungszeichen neu berechnen ...

> keine andere Tonart
Normalerweise haben Es- und B-Instrumente in einer Partitur unterschiedliche Tonarten notiert. Wenn sie jedoch alle atonal notiert wurden, dann wähle als Tonart diese (links unten mit dem grauen X). Dann wird jede versetzte Note mit einem b oder # versehen.