Obwohl alle Mitglieder des Entwicklerteams ihr Bestes gegeben haben, um die Software so zu programmieren, dass sie fehlerfrei und leicht zu bedienen ist, gibt es dennoch einige bekannte Einschränkungen in MuseScore 2.x.
Die Funktion 'Auswahl sichern...' ist zurzeit nur eingeschränkt nutzbar. Wenn innerhalb der Auswahl kein Schlüssel, Tonart oder Taktart enthalten ist, wird der gesicherte Bereich im 4/4-Takt und C-Dur abgespeichert, wobei alle Tonhöhen erhalten bleiben, Vorzeichen ergänzt und unregelmäßige Takte übernommen werden.
Die Funktion der lokalen Taktarten, welche es erlaubt gleichzeitig unterschiedliche Taktarten in verschiedenen Notenzeilen eines Systems zu haben, ist stark eingeschränkt. Sie können eine lokale Taktart nur in einen leeren und nicht weiter verlinkten Takt setzen. In einen Takt mit lokalen Taktarten können Sie Noten ganz normal eingeben, aber Kopieren und Einfügen funktioniert nicht korrekt. Die Kommandos ‘Teilen’ und ‘Zufügen’ sind deaktiviert.
Bei verlinkten Standard- und Tabulaturnotenzeilen müssen, wenn mehrstimmige Akkorde der Standardnotenzeile zugefügt werden, die einzelnen Akkordtöne von oben nach unten eingegeben werden. Anderenfalls könnte die automatische Zuordnung der Töne zu den Bünden unerwartete Ergebnisse bringen. (Anmerkung: Das betrifft a) nicht die direkte Eingabe in Tabulaturnotenzeilen, und auch b) nicht die Eingabe in eine Standardnotenzeile, wenn diese nicht mit einer Tabulatur verlinkt ist. In diesen beiden Fällen ist die Noteneingabe nicht an eine bestimmte Richtung gebunden.)
Ein Instrumentenwechsel bringt keine Transposition (Tonartwechsel) mit sich, wenn dies für eines der Instrumente notwendig sein sollte. Dies geht nur darüber, dass man zwei unterschiedliche Notenzeilen verwendet, und anschließend die 'Verstecke leere Notenzeilen' Option nutzt. Aktuell gibt es noch keinen wirklichen Instrumentenwechsel, nur der Klangwechsel bei der Wiedergabe. Transpositionen, Tonumfang und Notenzeilenname bleiben unverändert.
Bei Änderungen der Mixerwerte kann es sein, dass beim Schließen der Partitur der Hinweis „Vor Beenden Speichern?“ nicht erscheint. Eine Änderung dieser Werte ist dennoch machbar.
Es gibt keine Möglichkeit Kopf- und Fußzeilen auf WYSIWYG Art zu editieren. Die Felder in Stil → Allgemein → Kopf-, Fußzeilen, Zahlen enthalten nur reinen Text. Sie können auch "HTML“ ähnliche Syntax enthalten, aber der Textstil, das Layout, etc. können nicht mit einem WYSIWYG Editor bearbeitet werden..