Si bien todos los miembros del equipo de desarrollo hicieron todo lo posible para que el software sea fácil de usar y libre de errores, existen algunos problemas conocidos y limitaciones en MuseScore 2.x.
La característica de indicación de compás local, que le permite tener diferentes indicaciones de compás en diferentes pentagramas al mismo tiempo, es muy limitada. Solo puede agregar una indicación de compás local a los compases que están vacíos, y solo si no hay partes vinculadas. Al introducir notas a compases con indicaciones de compás locales, puede introducir notas normalmente a través del modo de Introducción de notas, pero copiar y pegar no funciona correctamente y puede provocar corrupción o incluso bloqueos. Los comandos de unir y divir están deshabilitados para los compases con indicaciones de compás locales.
El comando Reagrupar ritmos command que se encuentra en el menú Diseño puede tener efectos secundarios no deseados, incluyendo el cambio de la nombres de las alturas y la eliminación de algunos elementos como articulaciones, glissandos, trémolos, notas de adorno y, esp. en deshacer, ligaduras de prolongación. Use esta herramienta con precaución en selecciones limitadas, para que pueda saber si se realizan cambios no deseados.
Cuando se introducen acordes de notas múltiples en un pentagrama estándar en un sistema de pentagrama/tabulatura enlazado, las notas deben introducirse en orden desde la secuencia superior (primera) a la cuerda inferior para asegurar la correcta asignación del traste.
Esta limitación no se aplica si se introducen notas directamente en un pentagrama de tablatura, o cuando se utiliza un sistema de pentagrama / tablatura no enlazado.
Cambiar la configuración en el mezclador que no sea el sonido no marca la partitura 'sucia'. Eso significa que si cierra una partitura, es posible que no aparezca la advertencia "¿Guardar cambios en la partitura antes de cerrar?". Cambiar los valores del mezclador tampoco se pueden deshacer.
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