Je découvre Musescore

Bienvenue,
Tout d'abord, il existe un forum en français : http://musescore.org/fr/forum.
Ensuite, comme tu as pu le voir MuseScore est gratuit. Et si on peut facilement le comparer à Finale Notepad et ses 10$. Il n'est pas (encore) comparable à la version complète de Finale à plusieurs centaines de dollars ;) et a d'autres contraintes.
Des réponses point par point, même si je ne suis que développeur ;)

Est il possible de changer la police pour les notes ? (maestro, petrucci, etc..)

Non. Les polices que tu cites ne sont pas libre de droits et ne peuvent pas être distribué gratuitement avec MuseScore.
Plusieurs sujets sur le forum appelle à la création d'une autre police, en particulier une plus "Jazz". Mais aucun artiste en police de caractères ne s'est manifesté pour le moment.

Est il possible de réduire la taille d'une portée ? (ex réduction en taille de portée de trompette, garder celles de piano à 100%) sans que ça influe sur la taille des notes.

Je ne suis pas sûr de tout comprendre. Mais oui il est possible de changer la taille d'un système, Clic droit sur une mesure, Propriétés de la portée-> Petite. Le pourcentage est le même pour toutes les petites portées de la partition et il est défini dans Style -> Editer le style -> Taille -> Taille des petites portées.

Est-il possible de changer les marges (mise en page) système par système ?

Là encore je ne suis pas sûr de comprendre. Chaque système peut être mis dans un fichier séparé avec la fonction Fichier -> Parties. A utiliser une fois que la partition est terminée. Ensuite chaque fichier a ses propres marges etc...

Est il possible de graver en police grégorienne ? (sans indication de mesure, en plaçant nos propres barres de
mesure où l'on souhaite)

Les Neumes ne sont pas supportés. Mais quelques posts sur le forum le demande. Dans une prochaine version peut être. Pour le reste, tu peux rendre invisible l'indication de mesures et un clic droit sur une mesure -> Propriétés de la mesure permet d'augmenter sa taille réelle.
voir : http://musescore.org/en/node/1787
http://musescore.org/en/node/2053

Est-il possible de modifier les ligatures (liaisons) à volonté ? (place sur les notes, courbure, etc..)

Oui. Voir Liaison
Et double clic sur une liaison pour essayer.

Est il possible de paramétrer et/ou de modifier l'inclinaison des queues de notes (ex une gamme de triple croche do à do, modifier la courbure des queues de notes (les notes sont liées entre elles, j'ai oublié le terme.)

Si tu parles de la barre entre des double croches par exemple, la courbure n'est pas modifiable mais l'angle oui. Essaie de double cliquer sur une barre et de bouger les poignées bleues.

En terme de voix/portée, les notes se placent automatiquement (1ere voix queue en haut, 2e voix queue en bas) ou alors il faut le faire manuellement ?

C'est fait "automatiquement" et paramétrable dans Style -> Editer le Style -> Voix.

Encore une fois, bienvenue dans le monde du libre. N'hésite pas à nous faire part des tes problèmes, idées etc... sans oublier qu'on est tous bénévoles :) et qu'il n'y pas de commerciaux ici :) de préférence dans le forum français si tu écris en français.