Dois instrumentos em tons diferentes

Olá amigos. Meu sistema tem dois instrumentos, uma flauta e um violão, mas a flauta toca no tom de DO MAIOR e o violão toca no tom de SOL MAIOR, é como a música foi feita. Mas quando eu troco a armadura de clave do violão para SOL MAIOR, a flauta também muda para SOL MAIOR. Tem como mudar apenas o tom de um instrumento do sistema?
Agradeço a ajuda.