Swingの楽譜を３連符で作成してしまいました。３連符を２連符に一括で直せませんか？

自動で変換はできないと思います。３連符を削除した後改めて入力するよりなさそうです。
わずかに省力化する方法として３連符を一括して削除することはできます。
楽譜始めの３連符の「３」をクリックで選択したのち、終わりの「３」を Shift+クリックすると全部の「３」が選択出来ますから Delete キーを押下します。