¿ Como dividir cualquier archivo midi en pistas separadas por instrumentos ?

El problema es que la persona que ha grabado ese midi lo ha hecho o con el formato antiguo o el programa que ha utilizado lo ha guardado todo en un sólo canal.
Si tienes FL puedes importar el MIDI, te lo cargará a un canal, puedes crear MIDIS OUTS (los que necesites) y abrir el piano roll del midi importado, verás todas las notas en verde (canal1), si conoces las voces las puedes cambiar de color (pasar a otro canal), para ello tienes que seleccionar el color que deseas en la pestaña arriba izda y después desplazarte por todo el piano roll cambiando el canal, seleccionas con el ratón las notas y alt+C para que te las pase al canal (color) que tienes seleccionado, con otra voz haces lo mismo en otro canal (color).
Cuando hayas terminado puedes traspasar esas voces a los midi outs que has creado al principio para tenerlo separado por voces, para ello en el midi principal donde has cambiado los colores te vas al menú y pinchas Select > Select by color (primero tienes que seleccionar el color que quieres copiar), se seleccionan las notas por color de ese canal, le das a ctrl + c para copiar y lo pegas en el midi out (canal separado), así uno tras otro hasta que tengas todas las voces o instrumentos separados.
Es importante que en el piano roll tengas activado el Ghost channels (menú Helpers > Ghost channels) para que veas que las notas coinciden con el original, porque alguna vez pegas en el midi out y no se pega en la posición original, no pasa nada, como lo tienes seleccionado lo meneas todo con el ratón.
Luego tienes que saber que indicación de tiempo tiene el tema, por defecto FL lo exporta a 4/4, lo puedes cambiar en Options > General settings > Project > General
Por último lo exportas como midi y si todo está bien tendrás las voces separadas por canales.

Automaticamente no existe nada porque es imposible, pura lógica.

También decir que dentro de cada midi out puedes exportar el contenido como midi, lo que hace es exportar sólo ese canal (individual) para ello en el piano roll en el menú File > Export as midi file

También deberías cambiar el instrumento en el midi out para que te lo exporte correctamente, por ejemplo si sabes que es una flauta lo seleccionas en el mid out en PATH none, aquí tiene una lista de instrumentos midi.

Bueno, no tengo idea del nivel que tienes con FL u otros daw, quizás conoces todo esto que cuento pero por si acaso te digo lo imprescindible.
El midi out es un canal para salida midi que se selecciona en el menú Channels > Add one (lo buscas en la lista y lo seleccionas, dentro puedes pegar las notas que quieras)
Ghost notes es de gran ayuda, se visualizan todas las notas de todos los canales en el piano roll, junto con el nombre de las notas que aparecen en la izda, de otro modo no conocerías la ubicación de otros canales.
El tema de los canales por color es una maravilla, imagina ese midi que tienes, haces los cambios de color y luego con un VST que acepte varios canales, por ejemplo Edirol Orchestra puedes asignar instrumentos por color (en el mismo canal) tienes hasta 16 canales, por tanto el VST sabe que las notas verdes del canal 1 las has asignado por ejemplo a una flauta, las del canal 2 a un oboe, etc, luego esos canales los puedes asignar a diferentes canales del mezclador individualizados, o, mediante un plugin que existe de terceros puedes asignar keyswitch de un instrumento por colores, por ejemplo sustain canal 1, staccato canal 2 etc , luego te libras de colocar activadores de cambio, lo haces con los colores.

Un saludo.