2度で接する声部の違う音

符頭を選択して右クリック→音符のプロパティ→「符頭の位置」で符幹の「左・右」を指定すればある程度は解消できるかも。
添付の画像は一段目は「ソ」を第一声部、「ファ」を第二声部で配置した場合、符幹は重なりますが符頭が重なる事は有りませんでした。
二段目は「ファ」を第一声部、「ソ」を第二声部で配置した場合、符幹の上下の向きによっては符頭が重なる事が有りますが、符頭の位置調整により三段目の様にある程度は回避出来ます。