小節をまたがる音符に臨時記号を付けると音符が分割されてしまいます。

＞例えば、４分の４拍子で１小節目の最後の８分音符の箇所に２分音符を置いて、
＞臨時記号（♭など）を付けると、音符が分割されて
＞１小節目の最後の８分音符と、２小節目の最初の付点４分音符になってしまいます。
とありますが、これは正常なソフトの動作だと思います、ただしスラーで繋げるのではなく、タイで繋げないと音は連続して再生されません。
２分音符を置く操作は省力化の為と思いますが、それで配置できる音符はいいですが出来ない場合は、下記のタイの方法で配置するしかないです。

ご存知とは思いますが、タイ入力方法。
例として42～43小節の下段のVlnの音で説明しますと、42小節目最後の8分音符を配置→「↓」キーで「ナチュラル」記号を表示させる→アイコンメニューの4分音符を選択、続いて付点を選択(これで付点4分音符になります)→休符アイコンの左側にある「+」が付いた「タイ」アイコンをクリックする→43小節目の楽譜上にタイで繋がった付点4分音符が配置されます。

30～31と42～43と45～46小節の音符をタイで繋げた楽譜を添付します、必要ならばコピペして下さい。