声部1～4の音符毎の色の設定

変更したい範囲を選択した状態でインスペクタの色をクリックします。（インスペクタ表示されてなければF8）
任意のカラーを選択しOK→設定された色、で変更できます。
ちなみに特定の声部だけを選択したい場合はF6で表示されるフィルターが便利です。

選択した時に表示される色の変更は環境設定にありますが、ご希望はそれではなくプリントした時の色ですよね。それをあらかじめ設定して自動で記譜する方法は見つかりません。hiloa さんのコメントのように事後に変更するよりなさそうです。
その際声部ごとに纏めて選択する方法を、ご存じかもしれませんが、声部１を選択する場合を例として示します。
（１）インスペクタ、選択フィルターを表示させます。
（２）選択フィルターのすべてのチェックを外し、声部１をチェックします。
（３）対象とする範囲を選択します。
（４）インスペクタの「音符」をクリックします。
あとは hiloa さんのコメントをご参考に。